シーガル准将まで取り込んだランド博士は帝国に反旗を翻した。
しかしぽんこつメルビル少尉いやハンナちゃんのチョンボでギレル少佐は逃亡、というかアホの子サリーちゃんが勝手に逃亡拒否してまたまた捕まったけど(しかもボディチェックすら出来ないってポンコツだ、ハンナちゃん)。
ギレルとディアスは相変わらず仲良く制圧作戦。レオはサリーについて激怒、でもな拒否したのはサリーだからな。
で結局帝国共和国の合同でやったけど物の見事に失敗、レオは単身基地に特攻をかける。そしてサリーちゃん救出に出向く中、ランド博士の義理の娘であった元孤児のハンナちゃんは自分の境遇と重ね合わせてサリーちゃんを、命令違反にも拘らず避難させる。
で後が無くなったランド博士とシーガル准将は未完成ながらオメガレックスを機動。ハンナちゃんが操縦者だった。でも未完成って暴走フラグ立ってるよね。
ゾイドは強くなきゃいけないと自分に言い聞かせるように主張し続けていたランド博士がハンナちゃんを引き取ったのは何でだったんだろうな。親としての愛情がまだ残ってたからか、オメガレックスなどの強力なゾイドに彼女を搭乗させるための生贄が欲しかったからか。曰く特別な存在だから実は皇帝の一族だったり第一世代が遺した帝国とか失われた王国の遺児だったらシンデレラストーリーなんだけどね(その場合舞乙HiMEみたいに皇族ならではの真の力を秘めてるパターンだけど)。いずれにせよ今のランド博士は異常だから止め役が必要だ。